La misión de sintrabanagrario es defender y proteger el bienestar de todos los trabajadores, logrando crear espacios para dirimir las diferencias y conflictos existentes, reestableciendo los derechos vulnerados en cualquier nivel organizacional que  afectan laboral y emocionalmente a los trabajadores que contribuyen en el banco al cumplimiento de su función social, para el crecimiento y apoyo al campesino y así consolidar una verdadera paz en Colombia.